Boinc - Распределенные вычисления в Астрономии

[SETI_home_v8]

Обновление исследования от команды OPN (февраль 2024 г.)

Команда Open Pandemics выпустила новые рабочие модули, нацеленные на ДНК-полимеразу цитомегаловируса.

Проект: OpenPandemics - COVID-19 Опубликовано: 14 февраля 2024 г.

worldcommunitygrid.org/research/opn1/overview.do

Терминология
- ДНК-полимераза: фермент, состоящий из нескольких субъединиц, который строит ДНК путем сборки нуклеотидов.

Фон
scripps.edu/

Ученые из Scripps Research проводят молекулярное моделирование, чтобы найти возможных кандидатов для разработки методов лечения вирусов, включая COVID-19. Это исследование требует огромных вычислительных мощностей для проведения миллионов смоделированных лабораторных экспериментов. Молекулы, идентифицированные как многообещающие кандидаты, затем проверяются в лабораториях сотрудниками команды OPN.

Обновление рабочего подразделения

Новые исследовательские подразделения нацелены на ДНК-полимеразу цитомегаловируса, распространенного вируса, который особенно вреден для беременных или людей с ослабленным иммунитетом. Цель состоит в том, чтобы идентифицировать малые молекулы, связывающиеся с одной из субъединиц полимеразы, предотвращая ее взаимодействие с другой субъединицей полимеразы и тем самым нарушая сборку функциональной полимеразы. Около 40 миллионов молекул энамина будут смоделированы для выявления кандидатов для исследования и оценки нашими сотрудниками.

Рисунок 1. Цитомегаловирусная инфекция пневмоцитов (автор изображения: доктор Йель Розен, США. Изображение доступно по лицензии Creative Commons Attribution-Share Alike 2.0 Generic Licence)
creativecommons.org/licenses/by-sa/2.0/

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
boinc.berkeley.edu/download_all.php
boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
github.com/BOINC/boinc

[SETI_home_v8]

Конкурс вычислений Moonshoot

Мы рады объявить о конкурсе, поощряющем старшеклассников изучать науку о данных и распределенных вычислениях с использованием BOINC и World Community Grid.

Опубликовано: 22 февраля 2024 г.

Как мы отмечали в нашем информационном бюллетене за октябрь 2023 года, мы работаем над установлением более прочной связи со средними школами. Мы рады объявить о конкурсе, поощряющем старшеклассников изучать науку о данных и распределенных вычислений с использованием BOINC и World Community Grid.

Конкурс Computation Moonshoot призван помочь студентам внести свой вклад в реальные, полезные результаты для исследователей в захватывающей конкурентной атмосфере. Конкурс организован The Science Commons Initiative и пройдет с 25 марта по 7 мая 2024 года. Хотя основной конкурс открыт для всех средних школ США и их учащихся, мы надеемся, что это вызовет некоторый глобальный интерес.

Призы будут вручены школе, внесшей наиболее активный вклад, школе, вложившей больше всего времени на обработку, и школе с самым высоким соотношением активных участников к учащимся. Призы варьируются от научного оборудования до подарочных карт и студенческих стипендий.

Это соревнование — не первое соревнование по грид-вычислениям, проводимое на WCG.

В 2019 году Стокгольмская школа науки и инноваций в Швеции провела соревнование между 5 командами, вложившими более 25 лет ЦП и 45 945 результатов за один месяц в проекты MCM и MIP.

Еще один из наших партнеров по средней школе, средняя школа Сислера в Канаде, приняла участие в Compute for the Cure 2021, двухнедельном конкурсе пожертвований MCM, вернув 52 392 результата и заняв второе место в конкурсе. Они также провели свои собственные внутришкольные соревнования. Обе средние школы отметили, что соревнования предоставляют учащимся ценную возможность обучения и являются интересным способом мотивировать учащихся к использованию грид-вычислений. В эту растущую группу наших партнеров из средних школ входит средняя школа сообщества Бока-Ратон, которая создала клуб WCG и расширяет учебную программу по естественным наукам, изучая проекты WCG, программирование и высокопроизводительные вычисления.

Мы с нетерпением ждем конкурса Computation Moonshot и возможностей, которые он предоставит для обогащения обучения студентов. Регистрация на этот конкурс уже открыта. Для получения дополнительной информации о конкурсе и о том, как зарегистрироваться, посетите веб-сайт Computation Moonshoot. computationmoonshot.org/?page_id=16
worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=793
worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=787
worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=601
thesciencecommons.org/
computationmoonshot.org/?page_id=16
worldcommunitygrid.org/images/prismic/WCG_Newsletter_Oct_2023.pdf

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
boinc.berkeley.edu/download_all.php
boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
github.com/BOINC/boinc

[SETI_home_v8]

Обновление исследования от команды MCM (март 2024 г.)

Мы продолжаем характеризовать биомаркеры рака легких, выявленные в проекте MCM1. Это обновление посвящено HSD17B11, гену, связанному с выживаемостью при раке легких. HSD17B11 представляет собой ген, кодирующий белок, относительно повсеместно экспрессирующийся в органах и тканях. Это короткоцепочечная алкогольдегидрогеназа, которая метаболизирует вторичные спирты и кетоны.

Проект: Картирование маркеров рака Опубликовано: 14 марта 2024 г.

Терминология

- Стероидогенез: процесс, посредством которого холестерин превращается в различные стероидные гормоны.
- Идиопатическая необструктивная азооспермия: наиболее тяжелый тип мужского бесплодия, характеризующийся малым объемом яичек и очень низкой концентрацией сперматозоидов, причина которого не установлена.

Фон

Идентификация молекулярных маркеров и их комбинаций (сигнатур) позволяет нам выявлять заболевание на более ранней стадии (диагностические сигнатуры) и стратифицировать пациентов на подгруппы на основе закономерностей прогрессирования заболевания (прогностические сигнатуры), что потенциально может привести к определению того, какие пациенты могут получить пользу от различных вариантов лечения (прогностические сигнатуры). . Проект Mapping Cancer Markers анализирует наборы данных с миллионами точек данных, собранных у пациентов с раком и саркомами, чтобы найти такие диагностические, прогностические и прогностические признаки.
С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали проекту более 894 000 лет процессорного времени, помогая анализировать данные о раке и саркоме легких и яичников гораздо более тщательно, чем это было бы возможно в противном случае. Мы безмерно благодарны за эту постоянную поддержку.

Далее описывая 26 генов с наибольшим количеством баллов при раке легких, мы уже обсуждали VAMP1, FARP1, GSDMB, AHD6, IL13RA1, PCSK5 и TLE3 в предыдущих обновлениях MCM. Здесь мы излагаем информацию о HSD17B11. Важно отметить, что на данный момент между всеми этими белками существует сильная связь, как показано на рисунке 1. HSD17B11 является четвертым по количеству связанных белков в нашем списке, при этом FARP1, TLE3, PCSK5 являются более связанными.

Рисунок 1. Физические взаимодействия белков, связывающие 8 белков, на которых мы сосредоточились до сих пор (розовые узлы). Данные из нашей базы данных IID.

HSD17B11 Исследования

HSD17B11 — это ген, который кодирует белок, называемый гидроксистероид-17-бета-дегидрогеназа 11. Гидроксистероид-17-бета-дегидрогеназа 11 может превращать андростан-3-альфа,17-бета-диол в андростерон in vitro, что позволяет предположить, что он может участвовать в выработке андрогена.
Учитывая его структуру (рис. 2), HSD17B11 имеет четыре известных лиганда, которые могут с ним связываться, включая андростерон, глицерин, сульфат-ион и хлорид-ион.
Рисунок 2. Структура белка HSD17B11 (PDB).

Крупный метаанализ показал, что однонуклеотидные полиморфизмы в HSD17B11 в значительной степени связаны с мышечной массой тела [1]. Также было обнаружено, что HSD17B11 является потенциальным биомаркером ишемической болезни сердца [2] и идиопатической необструктивной азооспермии [3].
Было обнаружено, что HSD17B11 играет защитную роль при раке легких (рис. 3), как и другие гены, которые мы представили до сих пор.
Рисунок 3. а) Кривые выживаемости пациентов с низкой и высокой экспрессией HSD17B11 (KMplot). б) Еще более сильная связь обнаружена для аденокарциномы легких и в) для никогда не куривших.

Мы продолжили исследования, чтобы изучить связь между HSD17B11 и другими видами рака. Как показано на рисунке 4, при сравнении раковых тканей и нормальных тканей, HSD17B11 дифференциально экспрессируется при большинстве видов рака (обозначено красным текстом).

При большинстве видов рака его активность повышена, за исключением рака молочной железы, толстой кишки, плоскоклеточного рака легких, рака яичников, почек, щитовидной железы и матки. В литературе HSD17B11 связан с прогнозом рака простаты [4] и выживаемостью при раке поджелудочной железы [5].

Рисунок 4. Экспрессия HSD17B11 в нормальной и раковой ткани при нескольких типах рака. Красный текст представляет значительную разницу между экспрессией в раковой ткани по сравнению с нормальной тканью (TNMplot).

Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили!

Команда WCG
worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,46581_offset,0#695182

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
boinc.ru

[SETI_home_v8]

Вычислительный конкурс стартует сегодня!

Конкурс проводится с 25 марта по 7 мая 2024 года.

Сегодня начался конкурс Computation Moonshot, поощряющий старшеклассников изучать науку о данных и распределенные вычисления.
Как мы объявили в февральском обновлении, сегодня начинается Computation Moonshot!

Цель этого конкурса — побудить старшеклассников узнать о науке о данных и распределенных вычислениях с использованием BOINC и World Community Grid.
Этот конкурс открыт для всех средних школ США.

Как было подчеркнуто в нашем информационном бюллетене за октябрь 2023 года, одна из наших целей на этот год заключалась в расширении охвата старших классов для улучшения обучения молодежи и повышения интереса к науке о данных.

Мы воодушевлены этим конкурсом и его потенциалом для продвижения нашей работы в средних школах не только в Соединенных Штатах, но и во всем мире. Приятно отметить, что Sisler Cyberacademy также участвует в конкурсе, и у них уже есть команда из 12 партнеров.

Чтобы обеспечить достаточное количество рабочих единиц на протяжении всего конкурса, мы будем увеличивать поставку рабочих единиц MCM, OPN, SCC и ARP на время конкурса, с 25 марта по 7 мая. Текущий статус: MCM - готовый; ОПН – готов; ССС – готово; АРП - в процессе.

Мы благодарим вас за вашу постоянную поддержку и продолжим предоставлять обновления по ходу конкурса. Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы могли ответить.
Команда WCG

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
boinc.ru
computationmoonshot.org/
worldcommunitygrid.org/images/prismic/WCG_Newsletter_Oct_2023.pdf
worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,46603_offset,0#695455

[SETI_home_v8]

Вот, достался по случаю, такой вот Intel Optane Memory на 16 гигабайт за 500 р., а до этого он лет пять работал в каком то маломощном сервере. Лежал он, лежал у меня уже давно и чета недавно решил я перебрать комп. Но, так как на материнской плате нет этого разъёма, пришлось идти за переходником в днс, за 700 руб. (кошмар цены)

А вот что показывает программа Hard Disk Sentinel 5.40.1 и его фото в компьютере.

В общем установил я этот Intel Optane в пк, через разъем PCI Express x1. Установил туда Boinc.
А сделал я это, что бы не портить ресурс системного ssd. И кто ни будь, скажите мне, долго ли он проработает и имеет ли смысл это для системного ssd?

[SETI_home_v8]

Доступна новая версия BOINC (8.0.2).

Загрузите клиентское программное обеспечение BOINC

Страница загрузки
boinc.berkeley.edu/download_all.php

ПРИМЕЧАНИЕ.
Для версий до 7.18 может потребоваться обновление файла пакета CA для связи с некоторыми проектами. Вы также можете скачать исполняемые файлы с GitHub.
boinc.berkeley.edu/ca_bundle.php
boinc.berkeley.edu/wiki/Github_download

[SETI_home_v8]

Как я нашел монитор Acer v275 abid на 27 дюймов

Иду неделю назад домой после работы, мимо площадки с контейнерами для мусора, смотрю монитор стоит, остановился огляделся, может кто оставил случайно. Нет вроде, народ проходит мимо и даже внимания на монитор не обращает.

Ладно думаю, рискну забрать, вдруг рабочий окажется.

На следующий день пошел в контору по ремонту электроники, проверили, подключили к зарядке, монитор находился в тестовом режиме, сказали нужно купить блок питания и у них такого не было, сходил в другую контору, купил и о, чудо! Он оказался рабочим!
Долго искал как его вывести из этого тестового режима.

И что же вы думаете, вот так бесплатно мне достался монитор Acer v275 abid на 27 дюймов, но без ножки и блока питания, который пришлось купить за 1500 рублей.

Народ богатеет Милорд, раз выбрасывает рабочие вещи.))

[SETI_home_v8]

19 июня 2024 года, обобщенный поиск простых чисел Ферма PrimeGrid обнаружил мегапростое число:

10913140^524288+1

Простое число состоит из 3 689 913 цифр и войдет в «Самую большую базу данных известных простых чисел», заняв 11-е место среди обобщенных простых чисел Ферма и 81-е место в целом.
t5k.org/primes

Открытие было сделано Генрихом Подсадой (PoHeDa) из Германии с использованием NVIDIA GeForce RTX 3070 в 16-ядерном процессоре AMD Ryzen 9 5950X с тактовой частотой 3,40 ГГц и 64 ГБ оперативной памяти под управлением Microsoft Windows 11 Professional x64 Edition. Этому компьютеру потребовалось около 50 минут, чтобы выполнить тест на вероятное простое число (PRP) с использованием Genefer23. Генрих Подсада — член команды SETI. Germany.

PRP был подтвержден 20 июня 2024 года на процессоре AMD Ryzen 9 5950X с тактовой частотой 3,4 ГГц и 128 ГБ ОЗУ под управлением Linux Mint 20.3. Этому компьютеру потребовалось около 15 часов 56 минут, чтобы пройти тест на простоту с использованием LLR.

Более подробную информацию можно найти в официальном объявлении.
primegrid.com/download/GFN-10913140_524288.pdf

[SETI_home_v8]

Запустим ламу на домашнем кластере.

Llama 3.1 405B, квантизированная до 4 бит, запущенная на двух макбуках (128 гиг оперативки у каждого). Возможно это с помощью exo - тулы, позволяющей запускать модельку распределённо на нескольких девайсах. Поддерживаются практически любые GPU, телефоны, планшеты, макбуки и почти всё о чём можно подумать.
x.com/ac_crypto/status/1815969489990869369
Запустить ламу на домашнем кластере (github.com/exo-explore/exo)

[SETI_home_v8]

27 июля 2024 года, 09:18:10 UTC,

функция Primorial Prime Search от PrimeGrid обнаружила Primorial Prime: 4328927#+1

t5k.org/primes

Простое число состоит из 1 878 843 цифр и войдет в «Самую большую базу данных известных простых чисел», заняв 1-е место среди первичных простых чисел и 373-е место в целом.

Открытие было сделано Каем Преслером (Aperture_Science_Innovators) из Антарктиды с использованием процессора Intel(R) Xeon(R) E7-8890 v4 @ 2,20 ГГц с 256 ГБ оперативной памяти и Linux Mint 21.1.

primegrid.com/show_user.php?userid=1654901
primegrid.com/team_display.php?teamid=1710

Этому компьютеру потребовалось около 6 часов 53 минут, чтобы выполнить тест на вероятное простое число (PRP) с использованием PRST.

Кай Преслер — член команды [H]ard|OCP.

PRP был подтвержден 29 июля 2024 года на процессоре AMD Ryzen 9 7950X3D с тактовой частотой 4,20 ГГц и 128 ГБ ОЗУ под управлением Debian 12.5.

Этому компьютеру потребовалось около 2 дней 3 часов 38 минут для завершения теста на простоту с использованием PGFW с 4 потоками. Более подробную информацию можно найти в официальном объявлении.
primegrid.com/download/PRS-4328927.pdf