данОчень хорошо, что вы задаете вопросы - значит вам интересно.
Сразу оговорюсь, мои разъяснения будут короткими - ну не учитель я.
Я лучше буду давать ссылки на литературу, которая считается классикой для начинающих.
Итак. Как пользоваться атласом? Атлас это всего лишь проекция звездной сферы на плоскость, т.е. все звезды что есть на небе (и над нами, и за горизонотом) перенесены на листы атласа. Для примера, отключите в Стеллариуме опцию "земля" (клавиша G) и вы увидете всю небесную сферу. Т.е. в атласе отображены ВСЕ звезды и небесные объекты, без учета рассположения наблюдателя относительно небесной сферы. Естественно ВИДИМАЯ ВАМИ картинка звездного неба постоянно движется - Земля же вращается вокруг своей оси и вокруг Солнца. А вот дальше, для ориентирования на этой звездной сфере, мы должны принять во внимание местоположение наблюдателя на поверхности Земли, суточное вращение Земли вокруг своей оси и годичное вращение Земли вокруг Солнца. Все эти три параметра и будут определять, что будет видеть наблюдатель в данной точке, в данное время суток и данный день года.
Приведу простой пример - встаньте посреди вашей комнаты и начните вращаться вокруг своей оси. Что вы увидете? Правильно, сначала одну стену, потом другую, потом третью и т.д. Но вам же не составит труда найти в комнате дверь или достать книгу из книжного шкафа?! Потому что вы знаете что и где в вашей комнате находится. Так же и с небом - то, что не видно, еще за горизонтом и выйдет из-за него в восточной части сферы позже (ну естественно то, что видно на широте вашей местности), либо уже уже зашло за горизонт на западе.
Это если коротко. А для полного понимания порекомендую вам книжку Феликса Юрьевича Зигеля "
Сокровища звездного неба"
Это классика. Читайте.